根据国家发展和改革委员会办公厅《国家发展改革委办公厅关于请组织申报促进粮食增产增收创新能力建设专项的通知》（[2009]1713号）的文件精神，我校于2009年7月与国内相关院校联合申报了“粮食深加工国家工程实验室”。经过2年多的准备和论证工作，国家发展和改革委员会于2011年5月26日正式发文（发改办高技[2011]1244号）批准吉林农业大学、河南工业大学和华南理工大学共同建设“小麦和玉米深加工国家工程实验室”。该国家工程实验室建设期为2年，总投资1.26亿元（其中我校为2414万元）。该工程实验室的建立标志着我校国家级科研平台实现“零”的突破。

在该工程实验室的建设中，我校主要承担玉米深加工工程实验室的建设任务。主要研究方向为：玉米高效分离分级技术研究，玉米食品品质提升关键技术研究，玉米加工减损增效关键技术研究，高效节能玉米深加工新技术研究，清洁安全玉米深加工新技术研究，玉米主食及玉米功能性食品生产技术与产业化关键技术研究，玉米加工副产品综合利用技术研究等以及工程化推广应用。

玉米深加工在我国农产品加工产业发展中占有举足轻重的地位，吉林省是农业大省和粮食大省，以玉米深加工产业为主的农产品加工产业已成为吉林省重要的支柱产业。该工程实验室的建立，可以为通过开展玉米深加工产业化关键技术创新、产品开发研究和科技成果的工程化转化应用；培养输送玉米深加工技术研究的高级人才，为国家玉米深加工产业的快速健康发展提供技术和人才保障，为地方经济社会发展做出应有的贡献。