吉林农业大学始终坚持本科教学工作的中心地位，围绕立德树人的根本任务，按照“以人为本、德育为先、能力为重、全面发展”的要求，形成了“基础+特色”、“卓越人才”、“三层次、三结合、五平台”等三种人才培养模式，致力于培养基础扎实、素养优秀、专业精通、实践能力和创新能力强、德智体美全面发展的学术型、应用型、复合型高素质人才。

学校坚持以学生为中心，推进以“教”为中心向以“学”为中心转变；坚持以教学改革为动力，实行大类招生和大类培养；坚持以主干课程建设为核心，降低学时学分；坚持以通识教育为重点，满足学生个性发展；坚持以创新创业教育为切入点，提高学生的创新精神和创业能力；坚持以混合式教学为手段，促进课堂教学与在线教育相融合的本科教育体系，大力推进教育教学改革，努力培养学生成为“高素质，高层次，多样化，创造性”的人才。

现有68个本科专业，15个国家级一流本科专业建设点专业，7个国家级特色专业，2个国家专业综合改革试点专业，21个省级一流本科专业建设点专业，5个省级特色高水平专业群，15个省级特色高水平专业，13个省级特色专业，9个省级品牌专业，6个省级卓越工程师教育培养计划试点专业。1个首批国家级现代产业学院、2个省级现代产业学院，1个国家级专业特色学院培育学院、1个省级专业特色学院，1个首批国家级虚拟教研室建设试点项目，3个吉林省高校优秀基层教学组织，3个省级基础学科拔尖学生培养基地、3个省级耕读教育校外实践基地、4个本科高校卓越人才培养校外实践教学基地，各类实践教学基地499个。拥有22门国家级一流本科课程，1门国家级课程思政示范课程，52门省级一流本科课程（五类“金课”），6门省级课程思政示范课程。3部教材获评全国农业教育优秀教材资助项目，7部教材获批国家林业和草原局“十四五”规划建设项目，7部教材吉林省教育厅重点教材立项建设项目，28部教材获批农业农村部“十四五”规划建设项目，9部教材入选首批全国高等农林院校“十四五”规划教材。两次在教育部本科教学工作评估中获得“优秀”，并于2024年顺利通过教育部新一轮本科教学审核评估。近年来，学校在全省高校中率先实施跨专业门类大类招生培养改革，获批吉林省人才培养改革示范高校（A类）。学校深入推进以新农科建设为重点的“四新”建设，获批教育部“四新”研究与改革实践项目8项、教育部实验教学和教学实验室建设研究项目1项，近两届连续获批国家级高等教育教学成果二等奖，获批省级高等教育教学成果特等奖1项。成立吉林省新农科长白山创新学院，成功承办全国新农科建设工作推进会，打造新农科建设协同育人“吉林模式”。