据中国科技信息研究所2009年发布的中国科技期刊引证报告（核心版），中国科技期刊综合评价体系中新增加了期刊综合评价总分指标,该指标是根据被评价期刊的各影响力指标（期刊总被引频次、影响因子、他引率、基金论文比、引文率等）在其所在学科中的相对位置，并按一定的权重系数将这些指标进行综合集成得到的分数，期刊综合评价分值越大，说明该期刊的综合学术质量和影响力越高。

2009年《吉林农业大学学报》综合评价总分为54.9。在全国1868种核心科技期刊中，《吉林农业大学学报》按总分排名第249，分别位居吉林省高校（包括部属院校）综合类学报第1名、全国农业高校学报第8名、全国高校学报第36名。以上排名是有统计数据以来《吉林农业大学学报》综合评价最高记录。