从单细胞到时空多组学：植物转录组学的技术演化与前沿整合

——“生命彩虹”学术沙龙（第115期）

时间：2025年9月25日8:30

地点：创新楼301

主办单位：生命科学学院

类别：学术报告

报告题目：从单细胞到时空多组学：植物转录组学的技术演化与前沿整合

报告人：刘智剑

工作单位：东北师范大学

报告人简介：

刘智剑，研究员，博士生导师，长期致力于开发适用于植物的单细胞组学新技术，并利用这些技术深入解析包括豆科植物共生固氮在内的多种重要农业性状的分子机制。专注于作物单细胞ATAC/空间转录组平台建设，研发等位基因层面表达与可及性解析新方法，并构建面向细胞类型的软件流程，定量评估CRE等调控元件的等位特异功能效应及其在不同基因型背景下的差异，以（共同）第一作者在 Nature Plants（2 篇）、Nature Communications、Genome Biology 等国际顶级期刊发表多篇研究论文，累计被引用逾 400 次；担任 Genome Biology、Cell Reports 等国际一流期刊审稿人。

内容简介：

1. 回顾从plate-based、微滴高通量到原位捕获与成像测序的关键里程碑，以及由此催生的细胞类型判定、谱系/轨迹推断与批次校正等计算框架。

2. 聚焦植物体系的独特挑战——坚韧细胞壁导致的原生质体偏倚、细胞核方案与细胞器转录的干扰、组织几何与发育格局对空间解析的约束——并讨论相应实验与统计修正策略。进而，展示该领域在组织分化、激素调控等方面的代表性应用，强调从细胞型谱到功能因果的闭环验证。

3. 面向多组学整合，介绍sc/snRNA-seq与ATAC/甲基化/染色体构象等多组学整合策略，讨论跨物种图谱对齐、尺度一致性与不确定性量化等问题，并展望构建时空解析的植物细胞图谱与可推广的计算基准。